La leggenda narra che il nome Crotone derivi da "Kroton", figlio di Eaco, che fu condannato dagli Dei a non trovar pace fino al giorno in cui avrebbe fondato una città superba.

La fondazione di Crotone risale al 718 a.C., come citato da Eusebio nel suo "Cronicon" sebbene altre fonti la rimandino al 710 a.C., o più attendibilmente al tempo del Re Polidoro, nel 743 a.C. La città venne fondata dagli Achei che furono colpiti dai folti boschi, dal clima mite e dal prosperoso mare, e insediandosi, vi crearono una vera e propria Polis greca. L'apice della sua fama fu raggiunto nel V secolo, come colonia della Magna Grecia.

Seppur decaduta durante l'epoca dell'impero romano, la città risorge nuovamente in epoca Bizantina, in particolare durante la dominazione spagnola. Il castello di Carlo V che sovrasta la città, e le sue alte e forti mura, controllano ogni attività circostante, e decretano il successo della città nel sedicesimo secolo.

In epoca più recente, Crotone è il centro del marchesato dei Ruffo. Il suo porto che strategicamente colma le distanze dei più vicini porti di Taranto e Messina, favorisce ogni attività di scambio e si propone come traino per l'economia agricola e la proliferazione di attività industriali. L'insediamento industriale ha visto la città protagonista nel periodo a cavallo fra le due guerre mondiali, favorite anche dalla vicinanza con la centrale idroelettrica. La popolazione crotonese raddoppia durante gli anni trenta, fino a superare i 50.000 abitanti odierni. Purtroppo le industrie principali, Pertusola Sud e Montedison, collassano presto. Alla fine degli anni 80 infatti, la città è stroncata da una grave crisi economica. Migliaia di crotonesi perdono il posto di lavoro, e questo accentuerà l'inevitabile emigrazione di massa verso lidi più prosperi. Un'altra battuta di arresto per la città è data dall'alluvione del 1996, che distrugge gran parte delle abitazioni a ridosso del fiume e stronca tre vite umane, così come il morale della città. Per la città è finalmente la svolta, inizia la risalita. Il nuovo piano regolatore, e la partecipazione al concorso di riqualificazione urbanistica, Urban II, ridanno smalto alla città e costituiscono motivo di orgoglio che contribuirà alla ripresa economica. La città riesce a ribaltare il clima di sconforto e risale la classifica sulla qualità della vita, che l'aveva vista arenarsi nelle ultime posizioni.

La città si affaccia sul mar Ionio, ed è collegata alle vicine provincie di Catanzaro e Cosenza con le strade statali 106 e 107 rispettivamente.

La città gode di un aeroporto che sopperisce alle gravi carenze infrastrutturali, in particolare gli inadeguati collegamenti viari e le obsolete e trascurate reti ferroviarie. La città ha inaugurato di recente una nuova stazione aeroportuale, moltiplicando i collegamenti, e stabilizzando le tariffe. L'Aeroporto Sant'Anna è servito dalla compagnia di bandiera Alitalia.

Il più grande riconoscimento che la storia conferisce a Crotone, è la prolifica scuola pitagorica che il grande maestro greco fondò in una data stimata fra il 500 a.C. e il 600 a.C. Il filosofo e matematico scelse questa meta per il suo ateneo si pensa per volere divino. Proveniva da Delphi laddove la leggenda racconta che avesse interppellato l'oracolo. Fu il Dio Apollo a predestinarlo a Crotone per trasmettere il suo sapere. Inoltre era a lui nota la cultura scientifico-medica, artistica e filosofica della città, e non ultimo il suo favorevole clima politico. Era infatti la tirannia a dilagare nelle altre città ioniche. Giunto a Crotone, Pitagora riuscì a guadagnarsi subito i favori del popolo grazie al suo sapere. Ottenne dalla città una magnifica costruzione all'interno delle mura cittadine, in marmo bianco, circondato da giardini e portici, destinata ad ospitare la scuola del maestro. Fu chiamata Casa delle Muse. In questa scuola il maestro sviluppò il suo pensiero, fra cui ricordiamo: la metempsicosi, la teoria secondo cui l'anima vive anche dopo la morte corporea; la dottrina escatologica, conseguente alla metempsicosi, secondo cui l'anima trasmigra in forme di vita diverse, perfezionandosi, fino a raggiungere Dio; il dualismo, che riguarda il cosmo e l'aria che lo circonda; la teoria secondo cui il numero è il principio di tutte le cose; la costruzione dell'aritmetica in base 10 e il suo famoso teorema.

Fu celebre lottatore dal grande appetito. Milone fu capace di 6 vittorie olimpiche consecutive nelle olimpiadi disputate fra il 540 a.C. e il 512 a.C.

Discepolo di Pitagora, Alcmeone fu iniziatore della scienza dell'anatomia.

Filolao di Crotone fu un grande astronomo, filosofo e matematico, sulle orme del grande maestro Pitagora. Per primo contribuì ad esportare il pensiero della scuola pitagorica fuori dai confini ellenici. Nel campo dell'astronomia, approdò alla conoscenza del ruolo marginale della terra nel sistema solare, attribuendo la massima importanza al Fuoco Centrale, ovvero la sede di Zeus, centro dell'attività cosmica.